Noël 1558, le jeune Ned Willard rentre à Kingsbridge : le monde qu'il connaissait va changer à tout jamais.. Les pierres patinées de la cathédrale dominent une ville déchirée par la haine religieuse et Ned se retrouve dans le camp adverse de celle qu'il voulait épouser, Margery Fitzgerald.
L'accession d'Élisabeth 1ère au trône met le feu à toute l'Europe. les complots pour destituer la jeune souveraine se multiplient, notamment en France où la séduisante Marie Stuart - considérée comme l'héririère légitime du royaume anglais et issue de la redoutable famille française de Guise - attend son heure. Pour déjouer ses machinations, Élisabeth constitue les premiers services secrets du pays et ned devient l'un des espions de la reine. A Paris, il fait la connaissance de la libraire protestante Sylvie Palot dont le courage ne le laisse pas indifférent ...
Dans ce demi-siècle agité par la fanatisme qui répand la violence depuis Séville jusqu'à Genève, les pires ennemis ne sont cependant pas les religions rivales. La véritable bataille oppose les adeptes de la tlérance aux tyrans décidés à imposer leurs idées à tous les autres - à n'importe quel prix.